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《灵枢·海论》说：“夫十二经脉者，内属于府藏，外络于支节。”说明人体的五脏六腑和十二经脉之间有着密切的联系。大量的临床观察充分证明，脏腑疾患能使某些相应经穴出现异常反应。刺激这些异常反应点或相关腧穴，对相应脏腑的功能活动具有相对特异的调整作用。这种经穴-脏腑相关理论，在《内经》中已有充分表述。《灵枢·九针十二原》说：“五藏有疾也，应出十二原，而十二原各有所出，明知其原，睹其应，而知五藏之害矣。”和“五藏有疾，当取之十二原”。
腧穴与经络的关系，《千金翼方》说：“凡孔穴者，是经络所行往来处，引气远入抽病也。”说明腧穴从属于经络，通过经络系统与人体各部发生联系，使用针灸等方法刺激腧穴，可以“引气远入”，治疗有关经络与脏腑的病证。《针灸问对》说：“经络不可不知，孔穴不可不识。不知经络，无以知气血往来；不知孔穴，无以知邪之所在。知而用，用而的，病乃可安。”充分说明腧穴与经络的关系。《素问·调经论》说：“五藏之道，皆出于经隧。”指出经络本身又隶属于脏腑。这样，脏腑-经络-腧穴三者之间，内外相应，形成一体，不可分割。因此，《灵枢·本输》特别强调：“凡刺之道，必通十二经络之所终始，络脉之所别处，五输之所留，六府之所与合，四时之所出入，五藏之所溜处……。”说的就是经络、脏腑与腧穴之间的密切关系。
腧穴除与阴阳五行、脏腑经络的关系外，还与人体的气血运行、天时气候有着紧密的联系。《灵枢·本藏》说“经脉者，所以行血气而营阴阳，濡筋骨，利关节者也。”说明经络在沟通机体内外的同时，还具有运行气血、输布周身、濡养各部组织器官的作用。《素问·气穴论》称腧穴的作用是“以溢奇邪，以通荣卫”。表明腧穴在人体正常时能通行营卫，异常时能反应病痛，在接受针灸等刺激时则通调气血，祛邪扶正，治疗疾病。此外，中医学认为人与自然界存在着一种相应关系，当然以人为主体。说明人生活于天地之间，其生理、病理的变化与自然界息息相关。这种观点在腧穴学中有一定的意义，特别表现在腧穴应用方面。人的气血活动且受自然界气候变化的影响，如《素问·八正神明论》说：“是故天温日明，则人血淖液，而卫气浮， 故血易泻，气易行；天寒日阴，则人血凝泣，而卫气沉……是以因天时而调血气也。是以天寒无刺，天温无疑，月生无写(泻)，月满无补，月郭空无治，是谓得时而调之。”充分表明自然界的气候变化对人体气血运行产生的影响，因而针灸治疗也应随其变化而变化。