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阴阳五行学说是中医基础理论的重要部分，用来说明人体的组织结构、生理功能、疾病的发生发展规律，并指导临床诊断和治疗。针灸学也同样以阴阳五行学说为基础理论。经脉分阴阳，其所统腧穴，亦各随其经而分阴阳二类。穴既分阴阳，又各以其浅层属阳，深层属阴。《难经·七十难》有“春夏各致一阴，秋冬各致一阳”的刺法。在治法上，《灵枢·根结》说：“用针之要，在于知调阴与阳。”调和阴阳就是通过经穴的分经、深浅并运用适当的刺法来达到的。
腧穴分阴、阳，在五输穴中表现行最为清楚。据《内经》、《难经》所载：阴经和阳经的井、荥、输、经、合五输穴都有不同的五行属性。按五行的生克关系区分“母穴”和“子穴”，并创用母子补泻法。